目前关于桥本甲状腺炎的确切病因还不明确。但医学家总结了以下6点原因：
第一：自身免疫疾病
就是患者本身已经出现了其他自身免疫性疾病，包括类风湿关节炎、一型糖尿病、红白狼疮、白癜风等等，一旦身体出现了这些免疫性疾病，那么出现桥本甲状腺炎的几率会大大增加。
第二：遗传性
桥本甲状腺炎具有明显的家族聚集性，表明它与遗传性有密切的关系。
第三：碘摄入过多导
通常是由于海鲜吃得太多，以及加碘盐摄入太多。一旦碘摄入过多，体内的甲状腺激素产量增加，人体免疫系统就可能认为甲状腺是一个祸害，从而发起攻击。数据表明，本病的发病率会随着碘摄入的增加而显著增加。
第四：辐射
长期暴露于过量环境辐射的人，比如安检人员和医学院的影像科人员，比较容易患甲状腺疾病，包括桥本氏甲状腺炎。
第五：感染
身体一旦发生了感染，那么免疫系统，就会对其发起攻击，那么在这个过程中，免疫系统就可能被过度激活，从而开始攻击我们的甲状腺。
第六：硒元素缺乏
硒元素参与到了甲状腺激素的合成、活化和代谢。同时呢，硒元素也是免疫系统的核心成分。缺乏硒元素，会明显的提高免疫系统误攻击甲状腺的几率，从而引发桥本甲状腺炎。
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